本學科是國家批準的第一批碩士點和博士點，主要包括生物催化與生物轉化、藥學生化與分子生物學、微生物次級代謝産物的研究等3個研究方向。其中既包括具有多年研究經驗并取得豐碩成果，在國内處于領先水平的優勢研究方向，也包含了為适應目前藥學領域發展而建立的新興研究内容。
自1998年以來，共承擔科研項目40餘項，其中國家重大專項6項、國家自然科學基金、“九五”攻關項目和省自然科學基金項目共24項。近5年國内外發表學術論文100餘篇,其中SCI收載50餘篇，此外，出版的代表性專著（或授權發明專利）以及教學科研獲獎數十項。
方向一
生物催化與生物轉化和創新藥物
利用天然菌或工程菌體内特定的酶完成藥物合成工藝中的關鍵步驟，其常常為某些化學反應難以進行（步驟多，加去保護基）或不能進行的反應，且轉化産物立體構型單一，條件溫和，收率高，且有利于保護環境, 符合可持續發展戰略；采用生物信息學手段，構建藥用功能酶的蛋白模型，進行分子對接，并以此為依據對酶基因進行定向改造，提高其對特定底物的催化效率，得到具有新催化性質的酶分子，并最終将其用于手性藥物及其中間體的制備和新藥開發。
方向二
微生物次級代謝産物的研究
利用現代生物技術研究微生物藥物的生物合成和代謝調控，克隆微生物藥物生物合成基因和調控基因，闡明代謝産物生物合成途徑和代謝調控機制，采用理性化篩選和基因工程方法，改造微生物的基因結構，進而改變代謝産物的組分，提高有效組分的含量和産量。同時，研究代謝産物的分離純化工藝。
方向三
藥學生化與分子生物學
應用生物化學等理論和技術，從天然動物藥分離純化篩選具有自主知識産權的蛋白質、多肽、酶等生物大分子新藥先導化合物；應用分子生物學等理論和生物技術，建立具有自主知識産權的基因工程藥物原核細胞高效表達系統、基因工程藥物轉基因植物的技術及平台，并實現産業化。
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